依據「離島建設條例」第16條規定，為加速離島建設，中央主管機關應設置離島建設基金，基金總額不得低於新臺幣300億元，由中央政府分10年編列預算或指定財源撥入。故離島建設基金於90年度成立，迄99年度止國庫累計撥入基金已達300億元，自100年度起國庫未再編列預算撥補基金。
為有效運用本基金，推動離島建設，行政院90年3月16日依前開條例規定及「預算法」第21條規定，訂定「離島建設基金收支保管及運用辦法」，並自發布日起施行。